R語言及Bioconductor在基因組分析中的應用

R語言及Bioconductor在基因組分析中的應用

图书基本信息
出版时间:2005-1
出版社:科學出版社
作者:孫嘯
页数:440
书名:R語言及Bioconductor在基因組分析中的應用
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R語言及Bioconductor在基因組分析中的應用

内容概要
本書是國內第一本系統介紹R語言及Bioconductor軟件包的圖書。R是一種計算機程序設計語言,也是一個開放式的軟件開發平台。R具有強大的數學統計分析和科學數據可視化功能,提供各種數據處理、統計分析及圖形顯示工具。軟件研究人員可以在R這個開放平台上不斷擴充R的功能,開發出面向特定應用的軟件。Bioconductor就是一個基于R的、面向基因組信息分析的應用軟件集合。Bioconductor的應用功能主要是以包的集成形式呈現在用戶面前,它提供的軟件包中包括各種基因組數據分析和注釋工具,其中大多數工具是針對基因芯片或DNA微陣列數據的處理、分析、注釋及可視化。同時,Bioconductor還提供許多與DNA微陣列相關的數據包。本書分為上下兩篇,分別介紹R和Bioconductor軟件包,介紹Bioconductor在基因組分析中應用。
书籍目录
前言上篇 R語言第1章 R語言簡介1.1平台1.2R語言的發展簡史1.3R語言和統計學1.4運行R語言的環境及安裝1.5交互式使用R語言第2章 R語言的基本數據結構2.1向量的賦值2.2向量的基本運算2.3構造向量2.4邏輯向量2.5字符向量2.6復數向量2.7獲取向量子集和修正向量子集2.8常量第3章 R語言對象3.1對象的基本屬性3.2改變對象的長度3.3獲取對象的屬性3.4獲取對象類第4章 分組因子4.1分組因子4.2聚集計算4.3排序第5章 數組和矩陣5.1定義數組5.2數組子集操作5.3構造數組5.4數組計算5.5矩陣5.6數組矩陣合並5.7定義數組的操作第6章 數據列表和數據單6.1數據列表6.2構造數據列表6.3數據列表操作6.4數據單第7章 導入導出數據7.1高級函數7.2低級函數7.3命令台輸入輸出以及格式化7.4使用R語言內含的數據集第8章 組合表達式和控制語句8.1組合表達式8.2控制語句第9章 函數9.1排序的例子9.2定義新的操作符9.3參數名和參數缺省定義9.4形式的參數(虛參)9.5函數和變量的作用範圍9.6類、通用函數和面向對象9.7調試9.8操作符號的優先級第10章 包10.1標準包10.2擴展包和CRAN10.3包命名空間10.4R語言中常用的包第11章 R語言中的統計11.1R語言中的概率分布11.2從離散數據集分析概率分布特性11.3回歸分析第12章 圖形函數12.1高級圖形命令12.2低級圖形函數12.3與圖形進行交互12.4利用圖形參數12.5圖形參數列表12.6設備驅動12.7動態圖形下篇 Biocomluctor及其應用第13章 Bioconductm與DNA微陣列數據處理13.1Bioconductor簡介13.2DNA微陣列13.3微陣列數據處理與分析13.4Bioconductor開發背景13.5Bioconductor各種包的分類介紹第14章 Bioconductm的使用14.1Bioconductor的獲取和安裝14.2Biocondtlctor一陝速入門14.3Bioconductor應用實例第15章 數據庫訪問15.1Rdbi軟件包15.2RdbiPgSQL軟件包15.3SAGElyzer軟件包第16章 圖形及用戶接口16.1widget,Tools包16.2tkWidgets包16.3geneplotter包16.4hexbin包16.5limmaGUI包16.6affylmGUI包16.7webbioc包第17章 圖結構17.1graph包17.2RGBL包17.3Rgraphviz包17.4SNAData數據包第18章 通用工具18.1reposTools包18.2Biobase包18.3Biostrings包18.4DynDoc包18.5Ruuid包18.6ctc包18.7convert包18.8icens包18.9exprExternal和externalVector軟件包第19章 注釋19.1annotate包19.2AnnBuilder包19.3Resourcer包19.4SNPtools包19.5Data packages包第20章 基因本體學20.1goTools包20.2ontoTools包20.3Gostats包第21章 微陣列數據預處理21.1affy包21.2affycomp包21.3affydata包21.4affypdnn包21.5affyPLM包21.6gcrma包21.7makecdfenv包21.8annaffy包21.9marray包21.10matchprobes包21.11vsn包第22章 數據分析22.1daMA包22.2edd包22.3factDesign包22.4genefilter包22.5globaltest包22.6gpls包22.7multtest包22.8pamr包22.9MeasurementErfor.cor包22.10limma包22.11ROC包22.12siggenes包22.13splicegear包22.14RMAGEML包第23章 微陣列比較基因組雜交23.1aCGH包23.2DNAcopy包第24章 蛋白質組學24.1PROcess包24.2gpls包24.3apComplex包主要參考文獻附錄 R語言常用功能一覽表



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评论与打分
  •     不錯,該書不適為研究基因組學的必修書籍,且價格便宜,服務周到、及時
  •     這本書雖然已經出版了好幾年了,但是內容還是很實用,很適合初級學習者。
  •     老師推薦的。一起買來看看~
  •     good,希望多出點這樣的好書,跟上英美的速度,把它們的好書盡快翻譯過來
  •     送貨挺快,只是發票字體潦草了,報銷的人都看不懂
  •     由于R是個開放式的語言,有很多專門的packages來分析biologicaldata。這本書作為R的入門還有了解BIoCONDUCTOR的一些常識的確是個不錯的選擇,但是想深入的系統的學習和掌握R語言,國內還是沒有一本像樣的書。基于國內首部R語言翻譯的書,要是從Rbeginnermanual(englishlaguage)看得不太爽得話還是值得一買的。
  •     這本書只能說是R-inintroduction和bioconductorintroduction的中文版,不過編排的好些,對于入門來說還是很好的一本教材
  •     跟英文的說明文檔差不多,就是不習慣看英文的可以看看,不是很專業